Eine NAET Behandlung beginnt mit dem Austesten der potentiellen Allergene indem verschiedene Proben an dem Patienten kinesiologisch überprüft werden. Der Test wird im Liegen durchgeführt und ist in der Lage die Meridiane zu lokalisieren, an denen Blockaden bestehen. Nachdem die betroffenen Organe erfasst sind und die Ebenen (physisch, physiologisch, emotional) überprüft wurden, kann die eigentliche Behandlung beginnen. Dazu dreht sich der Patient auf den Bauch, um die Nervenwurzeln dicht neben der Wirbelsäule entsprechend den Testergebnissen stimuliert zu können. Die Rückenbehandlung ist absolut schmerzfrei und erfordert nicht viel Zeit. Sollten Rückenschmerzen oder andere Krankheiten bestehen die keine direkte Behandlung erlauben, kann die Therapie über eine dritte Person (sog. Surrogat) durchgeführt werden.
Nachdem sich der Patient wieder auf den Rücken gelegt hat, kann die Substanz nachgetestet werden. Nun sollten keine Blockaden mehr in den Meridianen bestehen. Nachdem dies durch den erneuten Muskeltest bestätigt wurde, beginnt die Stimulation der Akupunkturpunkte. Dabei werden keine Nadeln benötigt – eine gezielte, leichte Massage ist ausreichend. Wichtig ist nun etwa 20 Minuten mit dem Allergen in der Hand ruhig liegen zu bleiben. Ist diese Zeitspanne verstrichen wird erneut nachgetestet und die Behandlung kann beendet werden.
Es ist jedoch nötig, dass auch der Patient mithilft die Behandlung zum Erfolg zu führen. Nach jeder Sitzung muss das betreffende Allergen mindestens für die nächsten 25 Stunden strikt gemieden werden. Das bedeutet, dass es nicht gegessen / getrunken, nicht berührt und nicht in seine Nähe gekommen werden darf! Bei dem nächsten Termin wird nochmals überprüft ob die Behandlung erfolgreich war. Wenn sich keine weiteren Reaktionen finden lassen sollte das Allergen wieder beschwerdefrei vertragen werden. Bei einem schlechten Allgemeinzustand oder einem schlechten Immunstatus bzw. einer sehr starken Allergie, können mehrere Sitzungen benötigt werden, bis gar keine Reaktion mehr erfolgt. Meistens ist dies aber nicht der Fall.